Eretto da Bernardo Morando negli anni 1582-1584, situato a nord del palazzo, l’arsenale fu una delle prime costruzioni pubbliche in tutta la città. L’edificio è lungo di 63 metri. Al piano ribassato portano le scale esterne, situate sopra il portale. Attualmente l’edificio ospita il Museo dei Colori Nazionali e delle Armi. Al pianterreno si trova una mostra fissa che presenta un’armeria seicentesca,cioè armi da fuoco, armi bianche, cannoni e un’esposizione che illustra la storia della fortezza di Zamość e dispone di un modello della città.