La data esatta della costruzione della chiesa non è nota. Nelle fonti storiche la prima menzione della chiesa dati dopo il 1608. Però le ricerche architettoniche giungono alla conclusione che l’edificio è tardo-gotico e fu costruito intorno al 1500.
Dopo lo scioglimento del monastero dei Bernardini, nel 1830 la chiesa della Beata Vergine Maria fu trasferita dalle autorità prussiane nelle mani di una comunità evangelica di Smolary. La chiesa appartenne alla comunità evangelica fino al 1945.
Nel seminterrato della chiesa della Beata Vergine Maria, fu sepolta Kunegunda Drwęska, la prima moglie di Józef Wybicki.
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