Le collezioni del Museo costituirono quadri, sculture, libri ed accessori per la liturgia rimossi dai russi dalle ex chiese greco-cattoliche durante la liquidazione dell'Unione nel 1875.

La Prima Guerra Mondiale mise fine all’attività del Museo. Le ricche raccolte furono distrutte e saccheggiate. Nel 1919 pochi monumenti che sopravvissero la guerra furono trasferiti al Ginnasio di S. Czarnecki, dove dell’allora direttore, Wiktor Ambroziewicz, ricominciò a creare il primo Museo della Terra di Chełm nella Polonia indipendente.

La Seconda Guerra Mondiale causò enormi perdite alle raccolte. Finita la guerra, l’organizzazione del museo passò nelle mani di Kazimierz Janczykowski, un regionalista di Chełm. Nel 1953 le collezioni archeologiche, e nel 1969 le altre collezioni del museo furono trasferite nel Liceo di S. Czarnecki, ad un edificio restaurato del Collegio dei Piaristi.

Attualmente esso si compone di: Reparto Archeologico ed Etnografico; Reparto della Storia, Natura e dell’Istruzione; Reparto dell’Arte e Biblioteca.